In einem Interview mit der Zeitschrift Forbes droht Steve Ballmer kaum verhüllt damit, dass Microsoft Patentklagen gegen Linux führen könnte. Auf die Frage von Forbes, wie Microsoft zur Frage des geistigen Eigentums stehe, antwortet er: “Es gibt Fachleute, die sagen, dass Linux unser geistiges Eigentum verletzt. Das werde ich nicht kommentieren. Aber wir schulden es unseren Aktionären, dass wir eine Strategie haben, so weit dieser Vorwurf zutrifft. Und wenn es hierzu Interessantes zu sagen gibt, werden Sie der erste sein, der das erfährt.” An anderer Stelle meint Ballmer, dass man nach langer Zeit des Wettbewerbs wisse, wie man den Gegner schlagen könne.

Der Softwarepatentgegner Florian Müller bezeichnet dies in seinem Blog als “Ankündigung einer Ankündigung” und schließt, dass es früher oder später dazu kommen wird, dass Microsoft Patentklagen gegen Linux-Anbieter und/oder Anwender erhebt. Der Kampf Microsofts gegen Linux könnte damit zu einem neuen Höhepunkt finden. Florian Müller warnt immer wieder vor der Gefahr vor Patentklagen in Millionenhöhe. Nun sieht er Belege, dass sich die Gefahr für Linux-Anwender erhöhe. So hat Microsoft Ende 2004 asiatische Regierungen bedroht, dass diese patentrechtlich verklagt werden könnten, wenn sie Linux einsetzen. Open-Source-Unterstützer wie IBM, Novell und Red Hat bemühen sich darum, durch Aktivitäten wie das Open Invention Network Rechtssicherheit für Open-Source-Anwender zu erreichen. Der schon seit Jahren andauernde Rechtsstreit von SCO mit IBM war nur ein Auslöser für das “Linux-Kompensationsprogramm” von Novell und das “Open Assurance Program” von Red Hat. Müller meint jedoch, dass nur eine grundlegende Änderung an der Gesetzgebung der USA tatsächlich eine Wende herbeiführen könnte.