Interessante Frage!
Es funktioniert auf jeden Fall schon einmal, das Home-Verzeichnis auf eine eigene Partition zu legen. Dann kannst Du in den /etc/fstab der Distributionen doch einfach diese Partition als /home einbinden. Du musst nur darauf achten, dass die User synchronisiert werden und die gleichen UIDs haben. Ich gehe davon aus, dass das bei dir die Ausgangssituation ist?
Die unterschiedlichen Einstellungen der Desktop-Umgebungen zu trennen dürfte (mittlerweile) recht schwierig oder zumindest aufwendig werden: Die Desktop-Umgebungen sind komplexer geworden, liegen in neuen Versionen vor und nutzen teilweise die gleichen Konfigurationsdateien. Das Skript von 2003 dürfte dafür definitiv nicht mehr geeignet sein.
Wenn auf jeder Distribution immer andere Benutzerkonten existieren (also beispielsweise unter Mint “Alice”, unter Modicia “Bob”, etc.) dann würde ein /home-Verzeichnis reichen, weil jede Distri dann darin sein eigenes Verzeichnis anlegt, also Mint würde dann /home/alice nutzen, Modicia entsprechend /home/bob. Du darfst dann nur nicht unter Mint noch ein Konto “Bob” anlegen. :-) Das ist jetzt auch der einzige Weg, der mir einfällt, bei dem man dann unterschiedliche Konfigurationen verwenden kann.
Eventuell kommen für dich sogar die “portablen” Home-Verzeichnisse von Systemd infrage. Die habe ich mir aber noch nicht näher angeschaut.