Proteine

Auch aus der Medizin sind Supercomputer inzwischen nicht mehr wegzudenken und spielen auch nach der Entschlüsselung des menschlichen Genoms eine enorme Rolle in der Genforschung. Die Erforschung von Proteinen und den entsprechenden Gensequenzen ist das Ziel der beiden Partnerprojekte Folding@Home [7] und Genome@Home [8], die kürzlich in einem Client vereint wurden. Folding@Home beschäftigt sich speziell mit dem Faltprozess der Proteine, dessen Entschlüsslung nicht nur der Medizin, sondern möglicherweise auch der Nanotechnik zu neuen Durchbrüchen verhelfen könnte. Genome@Home dagegen geht von einer bekannten Proteinstruktur aus und versucht, passende Gensequenzen zu berechnen, wodurch sich möglicherweise Rückschlüsse auf andere Gensequenzen ziehen lassen. Obwohl Genome@Home in den neuen Folding@Home-Client integriert wurde, ist es möglich, nur an ersterem Projekt zu arbeiten, indem man eine bestehende Genome@Home-Teamnummer (über 100.000) angibt. Außerdem wird der alte Client unter dem Namen Genome@Home Classic weiter gepflegt. Bevor der gemeinsame Client allerdings seinen Dienst aufnimmt, muss er mit

chmod +x FAH3Console-v312-Linux.exe

ausführbar gemacht werden.

Ein weiteres Projekt, das sich mit Proteinen auseinandersetzt, ist Distributed Folding [9]. Allerdings ist die Vorgehensweise etwas anders als bei Folding@Home - Distributed Folding konzentriert sich eher auf die Vorhersage von Proteinstrukturen als auf das eigentlich Falten. Gerade der Faltprozess kann aber Aufschlüsse über einige Krankheiten wie Alzheimer oder Creuzfeldt Jacob geben, die möglicherweise im Zusammenhang mit falsch gefalteten Proteinen stehen.

Während viele der bereits beschriebenen Projekte unter Windows als mehr oder weniger schön anzusehende Bildschirmschoner daherkommen, muss man sich unter Linux mit drögen Text-Interfaces zufriedengeben, die nur ab und zu kryptische Aussagen zu ihrem Fortschritt machen. Eine Ausnahme bildet hier der Bildschirmschoner Electric Sheep [10], der - wie auch der Film Blade Runner - von Philip K. Dicks Buch "Do Androids Dream of Electric Sheep" inspiriert wurde. Natürlich träumen Computer nicht von gewöhnlichen Schafen, sondern nutzen ihre Rechenleistung, um animierte fraktale Flammen zu berechnen. Diese werden an einen zentralen Server geschickt, der die fertige Animation wiederum als MPEG-Video an alle Electric-Sheep-Bildschirmschoner leitet. Leider grenzt das entstehende Datenvolumen den Benutzerkreis auf die Besitzer von DSL-Flatrates oder vergleichbaren Internetverbindungen ein. Im Gegensatz zu anderen Projekten stellt Electric Sheep neben dem Quelltext auch RPMs bereit, die den Bildschirmschoner direkt in das GNOME-Kontrollzentrum integrieren. Ohne GNOME kann Electric Sheep mit folgender Zeile unter "programs:" in "~/.xscreensaver" aktiviert werden:

"ElectricSheep"  electricsheep  \n\

Abbildung 3: Electric Sheep berechnet fraktale Flammen

Cron einrichten

Cron kann andere Programme jeweils zu bestimmten Tageszeiten starten und beenden, wobei sich die vom Daemon verwalteten Aufgaben mit crontab -e ändern lassen. Dieses Kommando lädt einen Text-Editor, der in den Umgebungsvariablen $VISUAL oder $EDITOR angegeben ist und mit export EDITOR=editor geändert werden kann. Der folgende Eintrag startet jeden Tag um 20 Uhr ein Programm und beendet es wieder um 9. Die Zeichenkette 2>&1 >/dev/null leitet alle Ausgaben des Programms ins Nichts, da Cron sie sonst per E-Mail an jeweiligen Benutzer schickt. Wenn statt des Zeitschemas "@reboot" angegeben wird, kann Cron ein Programm direkt beim Booten starten - weitere Informationen zum Crontab-Format finden Sie über man 5 crontab.

00 20 * * * cd VERZEICHNIS; ./CLIENT 2>&1 >/dev/null
00 9 * * * killall CLIENT

LinuxCommunity kaufen

Einzelne Ausgabe
 
Abonnements
 

Ähnliche Artikel

  • Das Spiel zum Wochenende: Sheep goes left
    Mit der linken Pfeiltaste scheucht man ein Schaf von rechts nach links über den Bildschirm. Was extrem langweilig klingt, entpuppt sich als ein fesselnder wie knallharter Geschicklichkeitstest.
  • XEphem 3.5.2
    Wie heißt der helle Stern da oben? Ist der sich bewegende Lichtpunkt ein Flugzeug oder ein Satellit? Antworten auf diese Fragen und (viel) mehr liefert XEphem (sprich: "eks-i-fem"), das seit 1990 nicht nur für diverse Unix-Systeme, sondern auch für MacOS X und Windows entwickelt wird. Wir nehmen die aktuelle Version 3.5.2 unter die Lupe.
  • Desktop-Spielereien
    Alles neu macht der Mai – auf dem Desktop zum Beispiel mit einer ganzen Reihe neuer KDE-Addons.
  • Angetestet
  • Euserv sucht Betatester
    Wer schon immer mal einen virtuellen Server auf Debian- oder Gentoo-Basis betreiben wollte, kann dies jetzt gratis tun. Der Webhoster Euserv führt öffentliche Betatests durch.
Kommentare

Infos zur Publikation

LU 06/2015: Shell-Tools

Digitale Ausgabe: Preis € 4,95
(inkl. 19% MwSt.)

Mit der Zeitschrift LinuxUser sind Sie als Power-User, Shell-Guru oder Administrator im kleinen Unternehmen monatlich auf dem aktuelle Stand in Sachen Linux und Open Source.

Sie sind sich nicht sicher, ob die Themen Ihnen liegen? Im Probeabo erhalten Sie drei Ausgaben zum reduzierten Preis. Einzelhefte, Abonnements sowie digitale Ausgaben erwerben Sie ganz einfach in unserem Online-Shop.

NEU: DIGITALE AUSGABEN FÜR TABLET & SMARTPHONE

HINWEIS ZU PAYPAL: Die Zahlung ist auch ohne eigenes Paypal-Konto ganz einfach per Kreditkarte oder Lastschrift möglich!       

Tipp der Woche

Grammatikprüfung in LibreOffice nachrüsten
Grammatikprüfung in LibreOffice nachrüsten
Tim Schürmann, 24.04.2015 19:36, 0 Kommentare

LibreOffice kommt zwar mit einer deutschen Rechtschreibprüfung und einem guten Thesaurus, eine Grammatikprüfung fehlt jedoch. In ältere 32-Bit-Versionen ...

Aktuelle Fragen

Zu wenig Speicherplatz auf /boot unter MATE
Patrick Obenauer, 25.05.2015 14:28, 1 Antworten
Hallo zusammen, ich habe Ubuntu 14.10 mit MATE 1.8.2 (3.16-37) mit Standardeinstellungen aufgese...
Konsole / Terminal in Linux Mint 17.1 deutsch
Dirk Resag, 09.05.2015 23:39, 12 Antworten
Hallo an die Community, ich habe vor kurzem ein älteres Notebook, Amilo A1650G, 1GB Arbeitsspe...
Admin Probleme mit Q4os
Thomas Weiss, 30.03.2015 20:27, 6 Antworten
Hallo Leute, ich habe zwei Fragen zu Q4os. Die Installation auf meinem Dell Latitude D600 verl...
eeepc 1005HA externer sound Ausgang geht nicht
Dieter Drewanz, 18.03.2015 15:00, 1 Antworten
Hallo LC, nach dem Update () funktioniert unter KDE der externe Soundausgang an der Klinkenbuc...
AceCad DigiMemo A 402
Dr. Ulrich Andree, 15.03.2015 17:38, 2 Antworten
Moin zusammen, ich habe mir den elektronischen Notizblock "AceCad DigiMemo A 402" zugelegt und m...