Proteine

Auch aus der Medizin sind Supercomputer inzwischen nicht mehr wegzudenken und spielen auch nach der Entschlüsselung des menschlichen Genoms eine enorme Rolle in der Genforschung. Die Erforschung von Proteinen und den entsprechenden Gensequenzen ist das Ziel der beiden Partnerprojekte Folding@Home [7] und Genome@Home [8], die kürzlich in einem Client vereint wurden. Folding@Home beschäftigt sich speziell mit dem Faltprozess der Proteine, dessen Entschlüsslung nicht nur der Medizin, sondern möglicherweise auch der Nanotechnik zu neuen Durchbrüchen verhelfen könnte. Genome@Home dagegen geht von einer bekannten Proteinstruktur aus und versucht, passende Gensequenzen zu berechnen, wodurch sich möglicherweise Rückschlüsse auf andere Gensequenzen ziehen lassen. Obwohl Genome@Home in den neuen Folding@Home-Client integriert wurde, ist es möglich, nur an ersterem Projekt zu arbeiten, indem man eine bestehende Genome@Home-Teamnummer (über 100.000) angibt. Außerdem wird der alte Client unter dem Namen Genome@Home Classic weiter gepflegt. Bevor der gemeinsame Client allerdings seinen Dienst aufnimmt, muss er mit

chmod +x FAH3Console-v312-Linux.exe

ausführbar gemacht werden.

Ein weiteres Projekt, das sich mit Proteinen auseinandersetzt, ist Distributed Folding [9]. Allerdings ist die Vorgehensweise etwas anders als bei Folding@Home - Distributed Folding konzentriert sich eher auf die Vorhersage von Proteinstrukturen als auf das eigentlich Falten. Gerade der Faltprozess kann aber Aufschlüsse über einige Krankheiten wie Alzheimer oder Creuzfeldt Jacob geben, die möglicherweise im Zusammenhang mit falsch gefalteten Proteinen stehen.

Während viele der bereits beschriebenen Projekte unter Windows als mehr oder weniger schön anzusehende Bildschirmschoner daherkommen, muss man sich unter Linux mit drögen Text-Interfaces zufriedengeben, die nur ab und zu kryptische Aussagen zu ihrem Fortschritt machen. Eine Ausnahme bildet hier der Bildschirmschoner Electric Sheep [10], der - wie auch der Film Blade Runner - von Philip K. Dicks Buch "Do Androids Dream of Electric Sheep" inspiriert wurde. Natürlich träumen Computer nicht von gewöhnlichen Schafen, sondern nutzen ihre Rechenleistung, um animierte fraktale Flammen zu berechnen. Diese werden an einen zentralen Server geschickt, der die fertige Animation wiederum als MPEG-Video an alle Electric-Sheep-Bildschirmschoner leitet. Leider grenzt das entstehende Datenvolumen den Benutzerkreis auf die Besitzer von DSL-Flatrates oder vergleichbaren Internetverbindungen ein. Im Gegensatz zu anderen Projekten stellt Electric Sheep neben dem Quelltext auch RPMs bereit, die den Bildschirmschoner direkt in das GNOME-Kontrollzentrum integrieren. Ohne GNOME kann Electric Sheep mit folgender Zeile unter "programs:" in "~/.xscreensaver" aktiviert werden:

"ElectricSheep"  electricsheep  \n\

Abbildung 3: Electric Sheep berechnet fraktale Flammen

Cron einrichten

Cron kann andere Programme jeweils zu bestimmten Tageszeiten starten und beenden, wobei sich die vom Daemon verwalteten Aufgaben mit crontab -e ändern lassen. Dieses Kommando lädt einen Text-Editor, der in den Umgebungsvariablen $VISUAL oder $EDITOR angegeben ist und mit export EDITOR=editor geändert werden kann. Der folgende Eintrag startet jeden Tag um 20 Uhr ein Programm und beendet es wieder um 9. Die Zeichenkette 2>&1 >/dev/null leitet alle Ausgaben des Programms ins Nichts, da Cron sie sonst per E-Mail an jeweiligen Benutzer schickt. Wenn statt des Zeitschemas "@reboot" angegeben wird, kann Cron ein Programm direkt beim Booten starten - weitere Informationen zum Crontab-Format finden Sie über man 5 crontab.

00 20 * * * cd VERZEICHNIS; ./CLIENT 2>&1 >/dev/null
00 9 * * * killall CLIENT

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